PRISMA 系统综述筛选与审计工作台

面向系统综述、Meta 分析与证据整合项目的本地优先研究级工作台。支持多来源文献导入、保守去重、双人复核、离线 reviewer bundle 交接、质量评价、历史回溯、PRISMA 2020 导出和审计证据包。

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如果你需要的不只是“画一张 PRISMA 图”，而是一套能经得起复查的筛选流程，这个项目重点解决四件事：

• 数据默认留在本地浏览器，适合还不方便上传到云端的研究资料。
• 导入、去重、筛选、全文复核、质量评价和导出都有可追溯记录。
• 双人复核冲突、来源文件调整和误操作可以被发现、阻断或回滚。
• 最终不仅能导出图和结果表，还能导出适合复核、答辩和方法学附录的审计证据。

为什么选择这个工作台

系统综述真正难的不是最后的图，而是过程是否经得起复查：哪些文献进来了，哪些被去重，哪些被规则筛掉，全文阶段为什么排除，双人复核冲突如何解决，调整来源文件后能不能回到上一版。这个项目围绕这些真实问题设计，尽量让筛选过程留下可复核的证据，而不是只留下一个最终数字。

研究工作中的问题	这个工作台的处理方式
中文数据库、PubMed、Web of Science 等来源格式混杂	支持 CSV / TSV / RIS / ENW / BibTeX / RDF / TXT / NBIB，可混合导入
自动去重容易误删	分成硬重复和疑似重复，硬重复才自动移除，疑似重复交给人工复核
大文件导入时页面像是卡住	常用格式使用 Worker 增量解析，并记录导入阶段、字节进度和记录数
PRISMA 图里的数字难以追溯	V2.2 增加 AuditEvent 和 ScreeningDecision，计数可从审计数据重算
全文排除理由分散在表格或备注里	内置标准 exclusion reason taxonomy，并导出排除理由汇总
质量评价经常脱离筛选流程	纳入研究可以进入条目级质量评价表单，并导出质量评价表、证据表和 GRADE 摘要
双人复核冲突影响最终导出可信度	V2.5 已把筛选和质量评价分歧纳入 resolver workflow、agreement metrics 和 unresolved conflict gate
两位审稿人不在同一台机器上工作	Reviewer Bundle protocol 支持 collaboration seed package、reviewer decision bundle 和 merge import，形成 file-based local-first collaboration；完整项目保存/加载仍是单独的备份路径
上传错文件或调整来源后很难回退	V2.5.1 已加入本地项目快照、历史恢复和来源文件增减记录
使用 AI 辅助时担心不可解释	AI 默认关闭；示例 AI 建议必须经过人工确认，并写入审计日志

适合谁

用户	适合的使用场景
医学、护理、公卫、管理学研究生	完成系统综述或 Meta 分析的文献筛选和 PRISMA 输出
医院、科研团队和课题组	在本地整理多来源数据库导出，保留筛选过程证据
循证医学和卫生政策研究者	需要保守去重、双人复核、质量评价和审计记录的项目
中文数据库使用者	处理 CNKI / 万方 / 维普 / PubMed / RIS / RDF 等真实导出问题
方法学或软件论文准备者	需要可复现测试、benchmark 和 audit-ready 输出的开源工具链

一眼看懂工作流

flowchart LR
  A["导入文献"] --> B["保守去重"]
  B --> C["配置筛选规则"]
  C --> D["标题/摘要筛选"]
  D --> E["全文复核"]
  E --> F["质量评价"]
  F --> G["PRISMA 与审计包导出"]

Loading

阶段	关键产物
导入	标准化文献记录、来源文件信息、导入事件
去重	硬重复移除列表、疑似重复候选列表、去重证据
规则筛选	标题/摘要阶段的纳入、排除和不确定记录
人工复核	全文阶段最终判断、排除理由、复核备注
质量评价	研究设计建议、工具族建议、条目级质量评价、证据等级基线
导出	PRISMA SVG、结果表、筛选报告、审计包、质量评价表、证据表、GRADE 摘要、双审冲突证据

当前公开版本线

版本线	路径	状态
V2.5 dual-review closeout	literature-screening-v2.2/	当前公开版本线。双人全文复核和质量评价分歧已纳入 reviewer isolation、conflict queue、resolver workflow、agreement metrics、冲突证据导出和 unresolved conflict gate；页面 shell、项目快照版本和 manifest 默认版本已统一到 V2.5。
V2.5.1 project history rollback	literature-screening-v2.2/	当前 patch-line 能力。增加本地历史快照、版本恢复、来源文件增减后的可恢复状态，并在导入、筛选重跑、全文复核完成、质量保存、冲突解决和导出前生成恢复点。

已完成能力切片

切片	路径	状态
Reviewer Bundle protocol	literature-screening-v2.2/	已完成本地文件协作切片。项目 owner 可导出 collaboration seed package，Reviewer A/B 可各自导出 reviewer decision bundle，owner 可用 merge import 合并回现有项目并刷新冲突队列、一致性指标和 export gate。完整项目保存/加载仍是单独的备份路径；不新增后端、账号或付费层。
V2.6 Conservative AI foundation	literature-screening-v2.2/	已完成 foundation slice。已覆盖 local advisory suggestions、prioritisation、uncertainty flags、prompt registry trace、Step 3 advisory queue controls、queue summary、priority sorting、review-state filters、empty-state clarity、PRISMA-trAIce queue summary 和 audit summary queue summary；真实 AI provider 仍默认关闭，最终决定仍由人工确认。
V2.4 quality appraisal	literature-screening-v2.2/	已完成稳定能力。保留 V2.3 的 PRISMA-trAIce 透明审计能力，并加入质量评价模板、条目级质量表单、quality_appraisal.csv、evidence_table.csv 和 grade_summary.csv。真实 AI provider 仍不默认接入，v2.2 目录继续作为兼容发布路径。
V2.3 PRISMA-trAIce readiness	literature-screening-v2.2/	已完成 AI 使用登记、provider 边界、AI 建议日志、人工确认闭环和透明报告；不默认发送真实 AI 请求。
V2.2 audit-ready	literature-screening-v2.2/	已完成审计基础层，包括审计模型、工作流事件和审计包导出。

下一阶段切片

切片	路径	状态
V2.7 Chinese-source reliability	literature-screening-v2.2/	下一阶段 reliability slice：fixture-backed CNKI、万方、维普和 SinoMed 可靠性增强，显示 abstract_truncation_suspected、abstract_noise_detected 和 source_mapping_incomplete 导入提示；不引入后端、真实 AI dispatch 或自动最终筛选决定。

历史兼容路径

路径	状态
V2.1 stable (literature-screening-v2.0/)	历史稳定路径，保留 6 步工作流和早期质量评价入口。
v1.7.x (根目录旧入口)	历史维护版本，保留早期 PRISMA 工具能力。

当前对外口径应保持一致：用户今天打开的是 V2.5 公开版本线，V2.5.1 已并入当前兼容路径作为 patch-line 能力；Reviewer Bundle protocol 和 V2.6 Conservative AI foundation 是已完成能力切片，不是新的公开版本号；V2.7 Chinese-source reliability 仍是下一阶段切片。当前重点导出包括：

文件	用途
project_manifest.json	项目基本信息、PRISMA 版本、AI 模式、设置
events.jsonl	导入、去重、筛选、复核、质量评价和导出的事件日志
screening_decisions.csv	可持久化的筛选决策表
exclusion_reasons.csv	排除理由 taxonomy 和计数
prisma_counts.json	从决策和事件重算的 PRISMA 计数
audit_summary.md	可读的审计摘要和注意事项
DEFENSE_AUDIT_PACK.md	答辩 / 附录审计包：本地生成的答辩 / 附录证据包，整合 PRISMA 计数、双审冲突与一致性摘要、质量评价状态、中文源可靠性提示和 AI 边界说明
ai_usage_registry.json	AI 模式、provider 边界、允许阶段和用户确认记录
ai_suggestions.jsonl	AI 建议、hash、人工复核动作、关联 decision、review trace 字段和 PRISMA 计数边界
PRISMA_TRAICE_REPORT.md	No-AI 或 assistive-AI 透明报告，用于 PRISMA-trAIce readiness
quality_appraisal.csv	逐研究、逐领域的质量评价记录，包含人工填写的 judgement、支持性原文 / 页码、审稿备注和总体判断
evidence_table.csv	面向证据整理的 PICOS、效果量、质量判断和证据等级表
grade_summary.csv	按结局和 PICOS 分组的 GRADE 摘要脚手架，最终 certainty 和降级理由保留人工确认
dual_review_conflicts.csv	V2.5 双审冲突证据，包含筛选和质量评价分歧、A/B 审稿值、resolver/final 值和状态
dual_review_agreement.json	V2.5 一致性指标，包含配对决策、percent agreement、Cohen's kappa 和冲突门禁状态

核心能力

能力	当前状态
多格式文献导入	支持 CSV / TSV / RIS / ENW / BibTeX / RDF / TXT / NBIB
常用格式增量解析	CSV / TSV / RIS / NBIB / ENW 走 Worker 分块解析
保守去重	硬重复自动移除，疑似重复进入人工复核
规则筛选	支持语言、年份、关键词、标题、作者、期刊等条件
全文复核	支持快捷键、排除理由、备注和单篇翻译入口
双人复核	V2.5 closeout 已支持 A/B 决策隔离、冲突队列、resolver workflow、agreement metrics 和 unresolved conflict gate
本地文件协作	Reviewer Bundle protocol 已支持 collaboration seed package、reviewer decision bundle 和 merge import，跨机器交接后复用现有 conflict queue 和 resolver workflow
历史记录回溯	V2.5.1 已支持本地项目快照、版本恢复、来源文件增减记录，以及关键流程节点的恢复点
质量评价	V2.4 已支持模板族、条目级质量表单、人工 judgement、支持性原文 / 页码和审稿备注；V2.5 增加质量评价分歧处理
证据整理	已支持 quality_appraisal.csv、evidence_table.csv 和 grade_summary.csv
PRISMA 2020 导出	支持多主题 SVG、纳入/排除表和筛选报告
审计导出	已支持 manifest、event log、decision ledger、counts、summary、质量评价 audit trace 和双审冲突 gate event
PRISMA-trAIce readiness	已加入 AI mode、AI usage registry、mock suggestion log、人工复核 trace 字段和透明报告；当前不接真实 AI provider

性能与基准

操作	数据量	结果	说明
IndexedDB 写入	30,000 条	约 3-5s	500 条一批写入
分页查询	100 条	约 213ms	使用索引查询
虚拟列表渲染	30,000 条	约 16ms/帧	只渲染可见区域
自动删除精确率	benchmark	1.000	保守策略下避免误删
综合 Candidate F1	benchmark	0.957	疑似重复候选输出更稳定

基准数据来自 docs/benchmarks/dedup/post-implementation-benchmark-report.md。不同设备上的导入速度会有差异，README 中只保留已经有仓库证据支撑的数字。

技术架构

workspace.html              -> 工作台页面与步骤结构
app.js                      -> 主流程、规则筛选、复核、导出和状态管理
audit-engine.js             -> 审计模型、PRISMA-trAIce 数据结构、决策序列化和审计包构建
dual-review-engine.js       -> V2.5 双人复核冲突、resolver、agreement metrics 和导出逻辑
reviewer-bundle-engine.js   -> Reviewer Bundle protocol、seed package、reviewer bundle 和 merge import 纯协议逻辑
project-history-engine.js   -> V2.5.1 本地历史快照、状态克隆和回溯元数据
db-worker.js                -> IndexedDB 数据层
parser-worker.js            -> 多格式解析和后台消息编排
streaming-parser.js         -> 常用格式增量解析状态机
quality-engine.js           -> 质量评价模板、研究设计、证据等级、evidence table 和 GRADE summary
import-job-runtime.js       -> 导入任务阶段、进度和项目状态
dedup-engine.js             -> 保守去重引擎
virtual-list.js             -> 大规模列表渲染

测试

当前回归入口：

node tests\run-all-regressions.js

当前覆盖范围包括：

• audit model、workflow hooks、audit package export
• AI suggestion panel、human review flow、PRISMA-trAIce report、AI suggestion JSONL trace fields
• dual-review conflict queue、resolver workflow、agreement metrics、unresolved conflict gate
• reviewer bundle seed export、reviewer-scoped decision bundle、merge import 和 conflict gate round-trip
• project history snapshots、rollback flow、source-file add/remove recovery
• dedup engine、candidate duplicate export、benchmark smoke/regression
• import job state、parser chunk boundaries、import hardening
• quality engine、study-design classifier、quality appraisal CSV、evidence table、GRADE summary

最近一次 V2.6 foundation 回归结果：151/151 通过。

路线图

阶段	目标
V2.2	审计基础层、事件日志、可重算 PRISMA counts、审计包导出
V2.3	PRISMA-trAIce 数据模型、AI usage registry、AI suggestion log、透明报告
V2.4	已完成：质量评价模板、条目级质量表单、evidence table、GRADE summary
V2.5	当前公开版本线：双人复核隔离、冲突队列、resolver workflow、agreement metrics、unresolved conflict gate
Reviewer Bundle protocol	已完成：通过 collaboration seed package、reviewer decision bundle 和 merge import 支持 offline cross-machine handoff；这是 file-based local-first collaboration，不替代完整项目备份
V2.5.1	已完成：本地历史记录、项目快照、来源文件增减回溯、关键流程恢复点
V2.6	已完成：本地保守 AI foundation slice，覆盖 advisory suggestions、ranking、prompt registry、provider abstraction 边界、Step 3 advisory queue controls、PRISMA-trAIce queue summary 和 audit summary queue summary
V2.7	下一阶段：Chinese-source reliability，fixture-backed CNKI / Wanfang / VIP / SinoMed hardening、摘要截断 / 噪音 / 映射不完整导入提示，不改变最终决定语义
V3.0	先从 public demo dataset 开始，再推进 benchmark、paper skeleton、release page refresh 和 commercial validation

当前 P6 / V3.0 的第一刀是 public demo dataset：用一个小型、可公开、可本地加载的演示数据集帮助新用户完成 onboarding、流程 walkthrough 和字段映射检查，而不是把它当成 benchmark 包或生产数据集。下一刀是 benchmark package：从现有 dedup runner、manifest 和报告开始，整理 repo 内可复现的 import / dedup / audit replay 基准入口。再下一刀是 paper skeleton：先建立 repository-local paper skeleton、statement of need、evidence source map 和 JOSS / JMIR AI / Systematic Reviews 的保守投稿方向，而不是直接声称已有完整投稿稿件。再下一刀是 commercial validation：先冻结 commercial validation contract、open-core / free-vs-paid 边界、interview / trial evidence record 结构，并坚持 validation before monetization implementation，不写支付代码、账号系统或产品锁。

版本历史

Reviewer Bundle protocol（已完成本地文件协作切片，2026-06）

• 新增 reviewer-bundle-engine.js，把 seed、bundle 和 merge import 的协议逻辑从 app.js 中独立出来
• 项目 owner 可以导出不包含 reviewer decisions 的 collaboration seed package
• Reviewer A/B 可以分别导出只包含自己 full-text decisions 和 reviewer-scoped quality values 的 reviewer decision bundle
• owner 可以将 reviewer decision bundle merge import 回现有项目；导入后刷新 dual-review conflicts、agreement metrics 和 unresolved conflict gate
• 该能力是 file-based local-first collaboration；完整项目保存/加载仍是单独的备份路径
• 不引入后端、账号、权限、付费系统或在线同步服务

V2.6 Conservative AI foundation（已完成 foundation slice，2026-06）

• 新增本地 conservative AI engine，只生成 advisory AISuggestionEvent，不直接生成最终 ScreeningDecision
• 新增 priorityScore、priorityReason、recommendedQueue、uncertaintyFlags、riskFlags 和 prompt/input hash trace
• 新增 Step 3 advisory queue controls：queue labels、queue summary、priority sorting、review-state filters 和 empty-state clarity
• 新增 Step 4 queue context handoff / hygiene，帮助人工复核时保留来源队列上下文
• PRISMA-trAIce report 和 audit summary 增加 V2.6 queue controls summary
• 真实 AI provider dispatch 仍默认关闭，不提供 API key 输入，不引入后端、账号或云同步
• AI 建议仍必须由人工接受或改写后才会形成可计数的人类 ScreeningDecision
• 完整回归 151/151 通过

V2.5.1 project history rollback（已完成，2026-06）

• 新增 project-history-engine.js，用于创建有界本地项目历史快照
• 新增历史记录面板和恢复入口，支持恢复到较早筛选状态
• 在 before_import、after_import、screening_rerun、fulltext_finalized、quality_saved、conflict_resolved 和 before_export 等节点生成恢复点
• 新增来源文件 add/remove 历史，移除来源文件前自动保留可恢复状态
• 恢复旧快照时保留当前完整历史时间线，避免回滚后丢失后续恢复点
• 为缺少稳定标识的记录保留 fallback audit id，避免来源文件移除后误删幸存记录的决策、AI 建议或质量评价状态
• 示例数据加载会写入 _source 和 _sourceFile，来源文件移除同样适用于内置示例数据
• 完整回归 133/133 通过

V2.5 dual-review closeout（当前公开版本线，2026-06）

• Reviewer A/B full-text decisions are isolated as durable ScreeningDecision records
• Screening conflicts generate a conflict queue across include / exclude / uncertain disagreements
• Resolver actions write final human decisions and review_conflict_resolved audit events
• Quality conflicts are detected across overall judgement, status, and domain judgements
• Quality resolver actions write final quality values and quality_conflict_resolved audit events
• Added dual_review_conflicts.csv and dual_review_agreement.json
• Final result exports are blocked while unresolved dual-review conflicts remain; conflict evidence exports remain available
• V2.5 closeout regression passed 121/121; headless Chrome smoke passed with 0 console errors and 0 runtime exceptions

V2.4 quality appraisal（已完成稳定能力，2026-05）

• 保留 literature-screening-v2.2/ 作为兼容发布路径
• 新增质量评价模板 schema，覆盖 RCT、cohort、case-control、cross-sectional、diagnostic accuracy 和 systematic review
• 新增 reviewer-editable item-level quality forms，支持领域判断、支持性原文 / 页码、审稿备注、总体判断、评价状态和评价备注
• 新增 quality_appraisal.csv
• 新增 evidence_table.csv
• 新增 grade_summary.csv，最终 GRADE certainty 和 downgrade reasons 仍由人工确认
• 质量评价修改写入 quality_appraisal_updated audit event，保留 before / after
• 不默认连接真实 AI provider，不保存或导出 API key
• 完整回归 115/115 通过

V2.3 PRISMA-trAIce readiness（已完成，2026-05）

• 新增 off、assistive、experimental AI mode
• 新增 provider abstraction，为未来 OpenAI-compatible endpoint 做边界准备，但默认禁用真实请求
• 导出 ai_usage_registry.json
• 导出 ai_suggestions.jsonl，包含 human action、linked decision、reviewed_at、human edit fields 和 prisma_count_boundary
• 导出 PRISMA_TRAICE_REPORT.md，支持 No-AI 和 assistive-AI 透明说明
• mock AI suggestion 只有在人工 accept/edit 后才会形成 ScreeningDecision
• rejected suggestion 不进入 PRISMA counts
• 不发送真实 AI provider 请求，不导出 API key 材料
• release-readiness gate 见 docs/checklists/V2.3_PRISMA_TRAICE_READINESS_CHECKLIST.md

V2.2 audit-ready (completed foundation, 2026-04)

• 新增 literature-screening-v2.2/ 独立工作区
• 新增 audit-engine.js
• 新增 ProjectManifest、AuditEvent、ScreeningDecision
• 导入、去重、规则筛选、全文复核、质量评价和导出节点写入审计事件
• 审计事件类型规范化：自动映射旧名称到 AUDIT_LEDGER_DESIGN.md 设计文档标准名称，保证旧数据兼容
• 审计导出采用稳定的 snake_case 字段命名（project_id、screening_stage、human_decision 等）
• 新增审计包导出：manifest、events、decisions、exclusion reasons、counts、summary
• AI 模式默认保持 off

V2.1 stable（历史 GitHub Pages 路径，2026-04）

• 工作流升级为 6 步，新增质量评价 / 证据等级步骤
• 常用格式 CSV / TSV / RIS / NBIB / ENW 改为 Worker 增量解析
• 新增 quality-engine.js、import-job-runtime.js、streaming-parser.js
• 导入任务状态支持项目级持久化与阶段化显示
• 保留 literature-screening-v2.0/ 访问路径以兼容既有链接

V2.0（上一代主版本，2026-03）

• 新增独立首页 / 登录页 / 工作台结构
• 新增独立 dedup-engine.js 去重引擎
• 去重改为“硬重复自动移除 + 疑似重复人工复核”
• 修复 CSV / TSV 跨行摘要解析
• 全文复核弹窗新增单篇翻译入口
• 修复上传展示、页面滚动、步骤衔接和双人复核共享状态问题

v1.7.x（稳定维护版，2026-03）

• 补全 PubMed .nbib 导入支持
• 修复单人 / 双人模式 session 接线问题
• 修复去重后无法继续进入后续步骤的问题

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